Devido à rapidez, irreversibilidade e grau severo de lesão provocado pelas microcistinas, a terapia e profilaxia são complicadas e parecem não ter grande utilidade.
Em 1988, Gorham e Carmichael referiram a lavagem gástrica imediata como um possível tratamento. No entanto, nas últimas décadas, estudos experimentais em animais e humanos com intoxicação por microcistinas, mostraram outros resultados bastante interessantes. Alguns basearam-se em anticorpos monoclonais contra MC-LR e outros em imunossupressores como a ciclosporina A e a rifampicina. Estudos alertam ainda para a vantagem da ingestão de vitamina E da dieta alimentar, como conferindo protecção contra a exposição crónica à MC-LR.
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MICROCISTINAS 